尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。
(1)生殖器部位癌 皮损较硬，边界不清，鳞状上皮瘤有明显的向深部浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。尖锐湿疣一般呈乳头状生长，病变浅表，很少浸润面。
(2)扁平湿疣 为梅毒二期皮疹。扁平湿疣多发生于肛周及外生殖器周围，基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。详见梅毒部分。
(3)假性湿疣 又称女性绒毛状小阴唇，在成年女性的小阴唇内侧上出现鱼卵状或细小绒毛状、排列规则的增生物，互不融合，长期不变，醋酸白试验阴性。
(4)生殖器鲍温样丘疹病 本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。作出这一诊断必须是专科医师。
(5)珍珠样丘疹病(珍珠状阴茎丘疹病) 发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。米粒大小、圆顶、平滑，互不融合，长期不变。
(6)皮脂腺异位症：丘疹在粘膜内无重叠生长，多为淡黄色。
(7)传染性软疣：单个不融合的皮色半球形丘疹，周围光滑，中央可挤出软疣小体。
(8)软下疳：外生殖器皮肤损害为不规则形溃疡，伴痛性横痃。溃疡面渗出物涂片可能查到杜克雷杆菌。
尖锐湿疣的诊断辨认多靠医生的临床经验，但由于性病在我国绝迹多年，临床医生的经验有限，难免有判断失误的情况，据报告有些基层医院的误诊率可达50－80％；尖锐湿疣多位于大小阴唇内侧、阴道口及肛门部位，病变呈淡红、鲜红或暗红色米粒大或豆粒大突起的疣状增生物，疣体湿润、柔软，可单个或多个并存，有时呈菜花样典型皮损。与尖锐湿疣相类似的疾患还有假性湿疣或绒毛状小阴唇，后者多见于小阴唇内下侧，刺状突出物与阴唇颜色相仿，状似天鹅绒一般，但病人多无症状，只是白带增多。其他容易误诊的还有处女膜赘状物、扁平湿疣（二期梅毒疹）、皮脂腺增生等。